O grupo, de cerca de 50 crianças da província de Badakhsan, no norte do país, foi interceptado pela polícia enquanto viajava numa estrada que cruza a província vizinha de Takhar.
O governo suspeita que os garotos seriam levados a escolas religiosas no Paquistão e no Irã, embora haja a preocupação de que eles poderiam talvez ter sido alvo de um esquema que os venderia como escravos sexuais.
Representantes do governo afegão disseram que oito pessoas foram presas sob a suspeita de terem participado do rapto das crianças.
O Unicef, fundo para crianças da ONU, advertiu para sérios problemas relacionados a raptos de crianças no Afeganistão, que tem recursos limitados para lidar com a situação.
O Unicef fez um apelo para que o ministro do Interior do país, Ali Ahmad Jalali, intervenha, buscando uma solução para o problema.
Desde a queda do Talibã, o governo de transição do país tem tentado reconstruir a força policial e o Exército, que se desintegraram durante as duas décadas de guerra civil.
"Suspeitamos que possa haver outras crianças raptadas", disse um porta-voz do Unicef, Edward Carwardine.
"Temos também informações ainda não confirmadas de que há crianças desaparecidas no sul (do país) também".
De acordo com a agência, muitas crianças raptadas na região são vendidas como mão-de-obra infantil ou escravas sexuais.
Informações da Folha Online