Desde a greve 1999, o principal alvo dos caminhoneiros tem sido o valor das tarifas de pedágio. Os transportadores culpam as concessionárias de rodovias pela inviabilização econômica de muitos autônomos e falência de empresas de transporte rodoviário. Para os caminhoneiros, as tarifas cobradas são muito altas e não correspondem aos benefícios obtidos pelos usuários das estradas. Além disso, a malha rodoviária destinada à administração privada seria muito grande. Parte dela tem pista simples e o tráfego é baixo, o que eleva os preços pagos por veículos.
Ainda segundo o Movimento União Brasil Caminhoneiro, a atual estrutura tarifária discrimina o caminhão. Os fatores multiplicadores da tarifa por tipo de veículo não produziriam um rateio justo dos custos. A proposta do movimento é que fosse uniformizado o valor do eixo quilimômetro-padrão para todas as categorias de veículos.
As concessionárias de rodovias rebatem as acusações dos caminhoneiros. Segundo um estudo feito pela Associação Brasileira das Concessionárias de Rodovias (ABCR), com o pedagiamento das estradas os custos do transporte teriam sido reduzidos ao invés de aumentar. De acordo com a análise, a redução dos custos operacionais com a melhoria da qualidade das rodovias é maior que os custos adicionais com pedágio. No Paraná, a redução do custo operacional para um caminhão com 5 eixos teria sido de 5,10% após o pedágio.
De acordo com a ABCR, os motivos da inviabilização financeira dos transportadores são a queda no volume de cargas transportadas e no aumento da frota de caminhões nos últimos anos. O resultado é que a maior oferta de transporte para uma quantidade menor de carga termina gerando uma queda no valor do frete.