O filme se passa simultaneamente em dois mundos paralelos: uma Londres contemporânea e uma sociedade futura onde a fusão do Estado com a Igreja acabou por impor uma forte doutrina.
Jonathan Preest (Ryan Phillippe) é um detetive mascarado, o único descrente deste universo fantástico, cujo objetivo é livrar as pessoas dos cultos e seitas e que enfrenta com todo o seu ódio o Ministério, instituição que ostenta um sinistro poder religioso.
Ao mesmo tempo, outros três personagens têm as suas histórias apresentadas: Emilia (Eva Green) é uma atrapalhada jovem estudante de artes, cuja rebelião poderá se tornar mortal; Milo (Sam Riley) é um rapaz de vinte anos à espera da pureza do primeiro amor; e Peter (Bernard Hill), um homem baseado na religião e que procura desesperadamente pelo seu filho desaparecido entre os sem-teto de Londres.
Todas estas histórias irão se entrelaçar, projetando um final com tons sinistros e fatídicos.